• Principal Investigator: Associate Prof. Shumpei Ishikawa, Graduate School of Medicine and Faculty of Medicine, The University of Tokyo
• Co-Investigator: Assistant Prof. Takashi Sakatani, Graduate School of Medicine and Faculty of Medicine, The University of Tokyo
• Collaborative Researcher: Assistant Prof. Tsutsumi Shuichi, Research Center for Advanced Science and Technology, The University of Tokyo

がんにおける治療薬の効果、副作用に関わるバイオマーカー探索は、市販後ある程度時間がたち多くの臨床サンプルを収集することによって為されるのが通常であり、治験プロトコールの改定といった臨床開発早期における効果的な対応には必ずしも直結しないことが多い。新世代の抗腫瘍薬であり低分子 multi-kinase inhibitor、エピゲノム修飾薬などは抗腫瘍性効果の重要標的が必ずしも明確ではなく、ターゲットアプローチによるバイオマーカーの探索を困難にしている。また一方で近年の超並列型シーケンシングの技術によりがんにおける塩基レベルでの体細胞量的、質的ゲノム変異、エピゲノムの変異が全ゲノムスケールで同定可能となっている。

本提案では培養細胞株や xenograft から比較的世代の新しい抗腫瘍薬、臨床開発中の新薬を対象に系統的に耐性株を樹立し耐性獲得過程におけるダイナミックなゲノミクス解析を行うことにより治療薬のゲノム、エピゲノムのバイオマーカー候補を同定すること行う。それら候補については機能的実験、実際の臨床検体における奏功性、副作用の発現、耐性の獲得との比較を行うことにより薬剤の真の重要標的分子、バイオマーカーの同定を行う。最終的には臨床開発早期におけるバイオマーカーの同定を可能とし開発側のバイオマーカーを用いた積極的な臨床開発への先鞭をつけることを目的とする。

計画研究代表者石川は腫瘍の病理学に広範な経験を持つと同時に、高密度マイクロアレイ、超並列型シーケンサーを用いた包括的ゲノミクス解析を専門としている。これまでにもゲノム特定領域研究の研究代表者としてヒトのコピー数多型 (CNV) の第一世代地図を作製 (Nature 2006) するなどの実績を持ち、また包括的ゲノミクス手法を用いたバイオマーカーの探索の応用的技術開発にもはやくから着手している。